20.09.1960 tarihinde Hatay’ın Altınözü kasabasına bağlı Altınkaya köyünde dünyaya geldi. İlk ve orta öğrenimini aynı şehirde tamamlayıp 1977 yılında Antakya lisesinden mezun oldu. 1979 yılında İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Osmanlı Müesseseleri ve Medeniyeti Tarihi Anabilim Dalı’nda lisans eğitimine başladı ve adı geçen anabilim dalından Mihrimah Sultan’ın Vakıf Eserleri, adlı bitirme teziyle 1983 yılında mezun oldu. Aynı yıl Sosyal Bilimler Enstitüsü Tarih Bölümü Osmanlı Müesseseleri ve Medeniyeti Tarihi Anabilim Dalı’nda Yüksek lisans eğitimine başladı ve 1986 yılında Osmanlı Telgraf İletmesi (1854-1871), konulu teziyle mezun oldu. Osmanlı Devletinde Bilim ve Eğitim Anlayışında Meydana Gelen Değişmeler ve Mühendishanelerin Kuruluşukonulu teziyle 1996 yılında Doktorasını verdi. Halen 1987 yılında Araştırma görevlisi olarak girmiş ve 1997 tarihinde Yardımcı doçent olmuştur. 27.11.2000 tarihinde Doçent unvanını almıştır. 2005 yılında Bilim Tarihi Anabilim Dalı’ndaki Doçent kadrosuna atanan Mustafa KAÇAR 2008 yılından itibaren Prof. Dr. olarak görevine devam etmektedir. 2013 Yılında emekli olarak, Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'nde Bilim Tarihi Bölümü'nü kurmuştur. Halen aynı görevinde çalışmalarına devam etmektedir.